更新方法を『全件更新』に設定しているためです
データファイルの取り込みにおいて、主キー設定したカラムの値に重複があるにもかかわらず「取り込みエラー」が発生しない理由は、更新方法を『取込済みファイルを削除し全て更新』(全件更新)に設定しているためです。
主キーとは、更新方法を『取込済みファイルとの差分のみ更新』(差分更新)に設定している場合に、更新対象となるレコードを判定するために設定する項目です。そのため、更新方法を『全件更新』に設定している場合、主キー設定を行っている状態でカラムの値の重複が発生していても、「取り込みエラー」にはなりません。